После реорганизации института отделение (ЛОАЭП) сосредоточило основное внимание на выполнении проектных работ по Белоярской, Кольской, Курской, Чернобыльской, Костромской АЭС, АЭС Хурагуа на Кубе, АЭС Жарновец в Польше, АЭС Моховце в Словакии, АЭС Темелин в Чехии, другим АЭС на стадии ТЭО, а также на проектировании самых мощных ТЭЦ в Ленинграде — Южной и Северной ТЭЦ Ленэнерго.
 АЭС Дукованы |
На Южной ТЭЦ в 1987 г . был пущен энергоблок № 3 с турбоагрегатом Т-250/300-240; для Северной ТЭЦ были разработаны рабочие чертежи по расширению турбоагрегатами Т-180/210-130, заканчивалось рабочее проектирование по стенду для испытаний питательных насосов на ГРЭС-8 Ленэнерго.
В 1988 г . отделение участвовало в разработке технического проекта АЭС с ВВЭР-1000 повышенной безопасности, выполнив комплекс вспомогательных сооружений. В 1989 г . по заказу Минатомэнерго СССР выполнены первые этапы ТЭО по выбору пунктов сооружения Приморской, Карельской, Дальневосточной, Печорской АЭС. В 1989 г . начались проектные разработки по АЭС нового поколения с реакторной установкой ВВЭР-640 и БН-170 (модульного типа).
К концу 1991 г . стало сказываться влияние общественного мнения на опасные последствия после сооружения АЭС. Несмотря на большую разъяснительную работу Минатомэнерго СССР и АЭП были прекращены дальнейшие проектно-изыскательские работы по ТЭО Карельской, Печорской АЭС, АЭС в Республике Коми и приостановлены проектные и строительные работы по Костромской АЭС. Из-за финансовых затруднений фактически были остановлены строительно-монтажные работы по Кольской АЭС-2 и Белоярской АЭС с реактором БН-800.
Но постоянно в течение 1987 — 1991 гг. выполнялся значительный объем работ по «сводным мероприятиям повышения надежности и безопасности АЭС» (Кольская, Белоярская, Курская, Чернобыльская АЭС). В этот период, кроме энергоблока Южной ТЭЦ, был введен четвертый энергоблок на АЭС Дукованы и сооружалась АЭС Темелин в Чехии; в Словакии строилась АЭС Моховце; в 1992 г . было остановлено сооружение АЭС Хурагуа на Кубе и АЭС Жарновец в Польше.
